NVIDIA Tesla przyczyniła się do przełomu w badaniach nad wirusem HIV
Naukowcy dokonali przełomu w badaniach nad wirusem HIV wykorzystując znane akceleratory graficzne NVIDIA Tesla używane w superkomputerach.
Świetne wieści płyną z Uniwersytetu Illinois w Urbana-Champaign (UIUC). Właśnie dowiedzieliśmy się, że naukowcy dokonali przełomu w badaniach nad wirusem HIV. Było to możliwe dzięki symulacji komputerowej na poziomie molekularnym. Jej głównym bohaterem były akceleratory graficzne NVIDIA Tesla.
W najnowszym numerze magazynu naukowego Nature opublikowane zostały wyniki współpracy naukowców z UIUC oraz Szkoły Medycznej Uniwersytetu Pittsburskiego, którzy po raz pierwszy w historii określili precyzyjnie chemiczną strukturę kapsydu wirusa HIV, czyli białkowego płaszcza chroniącego jego materiał genetyczny.
Kapsyd to białkowa osłona wirusa, która zawiera jego materiał genetyczny. Chroni ona i „przemyca” ten materiał do ludzkich komórek. Po przedostaniu się do środka, materiał jest wypuszczany na zewnątrz. Tak rozpoczyna się infekcja.
Jest to kluczowy aspekt w badaniach prowadzących do powstania sktecznych leków przeciwko HIV. Dzieje się tak dlatego, ponieważ naukowcy zaobserwowali u małp rezusów odporność na wirus będącą skutkiem posiadania białka zakłócającego działanie wirusa HIV.
Naukowcy poznali strukturę kapsydu dzięki przeprowadzeniu symulacji na superkomputerze Blue Waters. Maszyna ta bazuje na platformie Cray XK7 i jest wyposażona w 3000 akceleratorów graficznych NVIDIA Tesla K20X – najwydajniejszych i najszybszych układów tego typu jakie kiedykolwiek powstały. Jego moc pozwoliła naukowcom na uruchomienie największej symulacji w historii badań naukowych, obejmującej aż 64 miliony molekuł.
„Przeprowadzenie symulacji tak ogromnej liczby molekuł bez mocy procesorów graficznych, w jakie wyposażono superkomputer Blue Waters, byłoby bardzo trudne”, powiedział Klaus Schulten, profesor fizyki na Uniwersytecie Illinois. „Zaczęliśmy wykorzystywać akceleratory graficzne do obliczeń pięć lat temu i od tego momentu tempo naszych badań znacząco wzrosło.”
NVIDIA Tesla zostały stworzone m.in. z myślą o przyspieszeniu wielu zaawansowanych technologicznie aplikacji. Dzięki niej dokonano już wielu przełomów dotyczących np. alternatywnych źródeł energii czy badań nad klimatem.
„Dzięki procesorom graficznym naukowcy otrzymują moc, która pozwala im rozwiązywać problemy o szerszej skali i badać większe, bardziej złożone systemy”, powiedział Sumit Gupta, dyrektor generalny jednostki biznesowej ds. akceleratorów obliczeniowych Tesla w firmie NVIDIA. „Superkomputery Blue Waters i Titan – najszybszy superkomputer na świecie przeznaczony do otwartych badań naukowych, zainstalowany w Narodowym Laboratorium Oak Ridge – to jedynie dwa przykłady wielu systemów wyposażonych w akceleratory graficzne, dzięki którym powstają nowe odkrycia naukowe.”
Żywimy szczerą nadzieję, iż przełom w badaniach przyczyni się do lepszego zwalczenia jednego z najgroźniejszych wirusów XXI wieku.
Źródło: who, YouTube
Komentarze
3164M atomów, czy cząsteczek, bo ten fragment brzmi jak google translate. W języku polskim nie korzysta się w enigamtycznych 'molekuł' w tym kontekcie.
Tym bardziej, że w języku angielskim, w odróżnieniu od polskiego, można korzystać z 'molekuł' zarówno w kontekcie atomoów i cząsteczek. Symulacja 64M atomów, a 64M aminokwasów jest kolosalną różnicą.
Gratulacje Nvidia oby tak dalej