Nvidia znacznie przyspiesza badania nad lekami

Opracowany przez Uniwersytet Stanforda program obliczeń rozproszonych Folding@home stał się, dzięki połączeniu mocy obliczeniowej milionów procesorów symulujących tzw. zwijanie białek, głównym czynnikiem napędzającym prace badawcze nad takimi chorobami jak nowotwory, mukowiscydoza czy choroba Parkinsona. Projekt Folding@home jest najnowszym przykładem na rosnącej liście innych niż gry zastosowań procesorów graficznych. Uruchamiając klienta Folding@home na procesorze graficznym NVIDIA GeForce, symulacje zwijania białek mogą być wykonywane 140 razy szybciej niż na niektórych tradycyjnych, współczesnych procesorach.

„Wpływ procesorów graficznych GeForce na symulacje zwijania protein był radykalny i natychmiastowy”, powiedział Vijay Pande, profesor chemii na Uniwersytecie Stanforda i szef projektu Folding@home. „Zespoły, które zwijają wykorzystując procesory graficzne GeForce widzą, że ich wyniki gwałtownie wzrosły. Wprowadzenie takiej mocy obliczeniowej do projektu Folding@home zmienia całą jego dynamikę i może znacząco skrócić czas potrzebny na przeprowadzenie naszych badań”.

Projekt Folding@home zgromadził już wielką rzeszę entuzjastów komputerów, którzy rywalizują w zespołach o „przerobienie” jak największej ilości danych. Ich nieoficjalne wyniki wyświetlane są na stronie ExtremeOverclocking.com. Zorganizowanemu przez NVIDIA firmowemu zespołowi wykorzystującemu tylko 10 komputerów wyprzedzenie 90% zespołów zajęło tylko dwa tygodnie. Po rozszerzeniu zespołu o kolejne procesory graficzne, zespół NVIDIA przesunął się do 0.1% grup o największej „produkcji” w czasie krótszym niż miesiąc.

Inne zespoły zwijaczy także obserwują wzrost swojego miejsca w rankingu po zastosowaniu klienta NVIDIA Folding@home.

„Zaobserwowaliśmy podwojenie wykonanej pracy w zespole PC Games Hardware po tym, gdy wielu członków zespołu zainstalowało klienta NVIDIA”, powiedział Carsten Spille, redaktor PC Games Hardware. „Każdego dnia wyprzedzamy wiele zespołów i w końcu osiągnęliśmy nasz cel, czyli znalezienie się w pierwszej 100 zwijających zespołów na świecie”.

Zwijanie białek

Elementem procesu tworzenia się białek jest proces nazywany przez biologów „zwijaniem”. Celem projektu Folding@home jest zrozumienie procesu zwijania białek, jego błędów i wiążących się z tym chorób. Folding@home symuluje zwijanie białek, co ma ułatwić zrozumienie, dlaczego białka zwijają się tak szybko i pewnie oraz co się dzieje, gdy proces zwijania nie przebiega prawidłowo. Przyjmuje się, że skutkiem nieprawidłowości procesu zwijania białek jest wiele różnych chorób, między innymi choroba Alzheimera, mukowiscydoza, BSE (choroba szalonych krów), dziedziczne formy rozedmy płuc i liczne nowotwory.