Na początku przyznam się od razu, że poprzedni S.T.A.L.K.E.R. nie zrobił na mnie szczególnie pozytywnego wrażenia. Częścią problemu były wspomniane wcześniej błędy, ale głównym czynnikiem który odepchnął mnie od gry, była fabuła. Nie jest to nawet kwestia jakości historii którą opowiedziano w grze, bardziej tego w jaki sposób została ona przedstawiona graczowi. Cień Czarnobyla był zdecydowanie nieliniowy, co oczywiście jest dużym plusem. Ale jego nieliniowość była tak daleko rozwinięta, że jeśli gracz nie był dostatecznie uważny, mógł ominąć wszystkie główne wątki fabularne i w ogóle nie dowiedzieć się, co naprawdę zaszło w Zonie oraz kim jest szukany przez nas stalker. Nawet najlepiej przemyślana historia nie wypali, jeśli nie nada jej się odpowiednich ram i chociaż minimalnie nie poprowadzi gracza w jakąś konkretną stronę. Niestety, Cień Czarnobyla bardzo łatwo można było zredukować do bezproduktywnego biegania w kółko, bez żadnego pomysłu na to, co robić dalej, zwłaszcza w pierwszych kilku godzinach gry. Dla mnie to ogromny minus.
Twórcy jednak chyba zrozumieli swój błąd i tym razem zaoferowali nam odrobinę bardziej skondensowaną oraz spójniejszą fabułę. Nie jest to jednak nic odkrywczego, główne tło fabularne wciąż bazuje na raz opowiedzianej już historii, a problemy z którymi boryka się nasz nowy bohater, również wydają się boleśnie wręcz znajome. Bez obaw jednak. Gracz który dopiero teraz zaczął swoją przygodę z serią odnajdzie się w tym dodatku bez problemu. Pomimo pojawiających się od czasu do czasu subtelnych nawiązań do Cienia Czarnobyla, w Zonie jest tyle postaci skłonnych podzielić się z nami informacją, że właściwie nie jest wymagana jakaś szczególna wiedza. Weterani zaś, poczują się jak w domu. Sidorowicz wciąż rezyduje w swoim bunkrze, a wydarzenia które mają miejsce dopasowują się do znanej już opowieści Naznaczonego jak puzzle. Nawet jeśli niewiele jest tutaj nowego materiału, historia sprawdza się świetnie jako uzupełnienie.
Podczas tej wycieczki do Zony, wcielmy się w zupełnie inna, nie znaną wcześniej postać. Najemnik o wdzięcznym imieniu Szrama podczas jednej z wypraw w głąb Strefy niespodziewanie wpada w samo centrum jakiejś katastrofy. Jak się później okazuje, właściwie cudem udało mu się przeżyć, a to czego doświadczył to pojawiające się od jakiegoś czasu w Zonie emisje energetyczne. Sytuacja robi się niebezpieczna, kiedy Szrama uświadamia sobie, że owe emisje w niebezpieczny sposób wpływają na jego system nerwowy, a jeśli ich nie zatrzyma, wkrótce go zabiją. Z tej właśnie przyczyny, wiąże swoje losy z tajną organizacją o nazwie Czyste Niebo, grupą niezależnych naukowców która skupia się głównie na zbadaniu i zrozumieniu istoty Zony. Organizacja ta obawia się teraz, że jeśli emisje będą nabierać na sile, mogą doprowadzić do destabilizacji lub nawet unicestwienia tego regionu. I dlatego bez większego zastanowienia, wysyłają naszego bohatera na misje poszukiwawczą. Ma on odnaleźć pewną grupę stalkerów, która według plotek, dotarła do centrum Zony i jest przyczyną całego tego zamieszania. Chcąc nie chcąc, znów będziemy deptać starym znajomym po piętach, a po jakimś czasie ponownie polować na głowę Strieloka.
Zastosowana w grze struktura fabularna trochę przypomina Chińskie pudełko. Przydzielone jest nam jedno główne zadanie, ale składa się ono z kilkunastu mniejszych i niezależnych historii, które razem dopiero komponują się w pełną opowieść. W punktu widzenia gracza jest to dość wygodne rozwiązanie. Bo po pierwsze gra obfituje bogactwem mniejszych, ale różnicowanych wyzwań, po drugie ma się poczucie że wciąż idziemy dobrym tropem, nie czując się skrępowanym narzuconą przez twórców wizją rozwoju fabuły. Niby podobnie jak w Cieniu Czarnobyla, ale tym razem zadania przemyślane są w taki sposób, że nie można się w nich pogubić, albo o nich zapomnieć. Gra aż zmusza nas do wykonania szeregu specyficznych misji, które pozwolą nam przedostać się w dalsze obszary Zony. Nie ma więc mowy o pominięciu jakiegoś integralnego elementu fabuły.
