Fabuła Prototype nie należy do odkrywczych, choć sposób jej przedstawienia jest całkiem oryginalny. Alex przypomina sobie poszczególne zdarzenia z jego życia, pochłaniając ciała innych ludzi i przejmując w ten sposób ich wspomnienia. Oczywiście nie zawsze dotyczą one wprost naszego bohatera, ale określają zdarzenia jakie miały miejsce przed momentem jego śmierci i ponownego odrodzenia się. Jak podają twórcy gry, po mieście porusza się ponoć 100 postaci, których wspomnienia są istotne dla odkrycia wszystkich tajników fabularnych, choć nie ma potrzeby znajdowania ich wszystkich.
Na „Sieci Intryg” zaznaczone są imiona i nazwiska osób, których wspomnienia są istotne dla fabuły gry
Schemat rozgrywki zastosowany w Prototype jest typowy dla gier sandbox, czyli takich, w których otwarty świat pozwala na dowolną jego eksploracje. Mamy więc możliwość swobodnego poruszania się po mieście i wybierania sobie konkretnych zadań do wykonania z dostępnych w danej chwili misji widocznych na mapie. Zwyczajowo część z nich posuwa fabułę gry do przodu, a część stanowi swoiste dopełnienie pozwalając zdobywać większą liczbę punktów ewolucji odpowiedzialnych za dalszy rozwój bohatera. Niestety misje poboczne są dużo mniej ciekawe niż podążanie głównym wątkiem gry i najczęściej sprowadzają się do całkowicie oderwanych od rzeczywistości wyzwań, takich jak najszybsze pokonanie wyznaczonej trasy czy skok z wysoka do określonego miejsca.
Punkty Ewolucji EP zdobywane podczas siania śmierci i zniszczenia w mieście pozwalają na odkrywanie coraz silniejszych mocy
Misje poboczne pozwalają na wielokrotne ich przechodzenie w celu wyśrubowania jak najlepszych wyników i zdobycia najwyżej punktowanych medali
Podobnie jak w przypadku inFamous, mechanika rozgrywki jest zlepkiem wielu różnych rozwiązań podpatrzonych w innych, podobnych produkcjach. Obserwując Alexa w akcji trudno oprzeć się wrażeniu, że gdzieś to już widzieliśmy. Skojarzenia z serią God of War i Devil May Cry czy wręcz z filmem Niesamowity Hulk będą uzasadnione.
Pomimo niezbyt zajmującej fabuły i nie zawsze ciekawych misji, przy bliższym kontakcie Prototype okazuje się całkiem niezłą i grywalną produkcją. Nie bez znaczenia jest spora dawka przemocy i brutalności towarzysząca potężnym i destrukcyjnym mocom Mercera. Nasz bohater czerpie wręcz sadystyczną przyjemność z uśmiercania swoich wrogów i czyni to w sposób naprawdę drastyczny. Zresztą co tu dużo pisać, zobaczcie przygotowaną przez nas prezentację rozgrywki.