Producent nie ograniczył urządzenia tylko do podstawowych funkcji administracyjnych. Serwer NAS dysponuje bogatym pakietem narzędzi, które pozwalają na bieżąco monitorować jego stan. DS213j posiada prostą przeglądarką logów zawierająca informację o funkcjonowaniu systemu, połączeniach czy kopii zapasowej.
Dodatkowo stan serwera - obciążenie procesora, interfejsu sieciowego oraz zajętość pamięci RAM i transfery na dyskach a także uruchomione procesy możemy przeglądać przy użyciu apletu Monitor zasobów. Serwer obsługuje także protokół SNMP w wersji 1, 2c oraz 3. Dzięki niemu możemy podłączyć serwer NAS do systemu monitorowania SNMP, który centralnie zbiera logi z urządzeń wspierających. Do zbierania i przeglądania logów systemowych możemy również wykorzystać funkcję serwera Syslog. Możemy zainstalować pakiet serwera Syslog lub przekierować logi na funkcjonujący w sieci serwer.
Producent sporo uwagi poświęcił również zabezpieczeniu serwera, mechanizmom kształtowania ruchu sieciowego oraz systemowi powiadomień. W Panelu sterowania w aplecie Zapora sieciowa i QoS możemy ustawić reguły zezwalające lub blokujące określone usługi i dostęp do nich z podsieci, sieci lub adresów IP. Na podobnej zasadzie wprowadzane się ograniczenia związane z QoS. Możemy tworzyć reguły dla poszczególnych aplikacji a także określonych portów sieciowych precyzując dostępny transfer. Połączenie mechanizmu QoS oraz ustawień prędkości i ograniczeń dla poszczególnych aplikacji pozwoli na optymalne wykorzystanie serwera NAS do określonych zadań.
Funkcje bezpieczeństwa to również możliwość aktywacji ochrony DoS. Dodatkowo producent pozwala na utworzenie zasad blokowania danego adresu IP oraz listę dozwolonych adresów umożliwiając im dostęp do serwera. W przypadku wielokrotnych nieudanych prób logowania do usług SSH, Telnet, rsync, usługi sieciowej kopii zapasowej, synchronizacji folderów współdzielonych, FTP, WebDAV, aplikacje mobilne Synology, File Station lub DSM system może zablokować dany adres IP.
Bardzo rozbudowaną sekcją jest aplet Powiadomienia. Serwer potrafi nie tylko wysyłać komunikaty na adres mail, komunikator Skype czy Live Messenger. Dzięki obsłudze bramki SMS wiadomości serwera mogą być wysyłane na telefon komórkowy. Posiadacze smartfonów mogą z kolei wykorzystać powiadomienia push. Rodzaj komunikatów możemy wybrać z przebogatej listy konfiguracyjnej.