Kiedy jednak pierwsze oczarowanie minie, a my na dobre zagłębimy się w świat gry. Fallout 3 powoli, aczkolwiek systematycznie, ukazuje swoje niedociągnięcia. Zdecydowanie najsłabszym elementem pozostaje niestety, fabuła. Opowieść w duże mierze, koncentruje się wokół pogoni za naszym zaginionym ojcem - Jamesem. Lekarzem, który pewnego pięknego dnia, po prostu opuszcza zamieszkany przez nas schron 101 i wyrusza w nieznane. Choć oczywiście bez namysłu ruszamy za nim, bardzo szybko odnosi się jednak wrażanie, że wątek ten sztucznie rozciągnięto w czasie by wydłużyć główny quest gry.
Liam Neeson naprawdę świetnie sprawdza się w roli mentora i ojca głównego bohatera, ale gracz dostaje zdecydowanie za mało informacji by się z tą postacią na dobre zżyć. Kiedy zaś historia na rzeczywiście zaczyna nabierać rozpędu, gra gwałtownie się kończy, pozostawiając spory niedosyt. Sam scenariusz zresztą miejscami aż zieje brakiem logiki, bo twórcy nie do końca wzięli pod uwagę, wszystkie możliwości które wybrać może gracz. W porównaniu do licznych i często bardzo interesujących zadań pobocznych, główny wątek wypada po prostu blado.
Wątpliwości budzi też trochę nieprzemyślany poziom trudności. W grze oprócz walki w czasie rzeczywistym, zaimplementowany został turowy system V.A.T.S. (Vault-Tec Assisted Targeting System), który jak sama nazwa wskazuje, pozwala na bardziej precyzyjne trafienia przeciwnika. Choć w teorii w grze stosować można oba sposoby walki, bo każdy z nich ma zalety i wady. To w praktyce broń która świetnie sprawdza się w real time, w V.A.T.S. zachowuje się co najmniej dziwnie. Bardzo często zdarzało mi się, że pomimo wysokich statystyk i dużej szansy na trafienie przeciwnika, bohater chybiał z idiotycznej odległości. Co gorsza broń w V.A.T.S. psuje się trzy razy szybciej i zadaje zdecydowanie mniej obrażeń w kontraście z real-time.
Dla odmiany system czasu rzeczywistego jest z kolei idiotycznie prosty. Przeciwnicy padają jak muchy bo ich AI nie jest najwyższych lotów, a nawet najbardziej opancerzeni wrogowie nie są w stanie wytrzymać kilkunastu minut ciągłego ognia nawet z dość słabej broni. Zdecydowanie brakuje w tym wszystkim równowagi, a gra rzadko stawia przed graczem jakiekolwiek wyzwania.
Jakby tego było mało twórcy zdecydowali się też umieścić w grze limit doświadczenia. Ogólnie nie jest to zły pomysł, bo gracz w ten sposób zmuszony jest do wąskiej i przemyślanej specjalizacji. Ale w Fallout 3 doświadczenie jest źle rozplanowane. Jeśli chcemy wykonywać wszystkie zadania poboczne zanim skończymy główny wątek. Gracz prawdopodobnie dobije do blokady doświadczenia już w połowie gry. Nie jest to może jakiś straszny dramat, ale mimo wszystko dość znaczny minus.
Dziwi też niekonsekwentne podejście do realizmu. Oczywiście realne odwzorowanie świata w grach komputerowych to temat śliski, bo większość z nas siada przed monitorem by oderwać się od rzeczywistości, a nie odwrotnie. Tym razem jednak, Bethdesa sama strzeliła sobie w tej materii samobója. Z jednej strony gra naprawdę stara się być jak najbardziej realistyczną. Nasz udźwig jest ograniczony, broń się zużywa przez co traci na zadawanych obrażeniach, a wyremontować ją można tylko przy pomocy części zamiennych innej broni.
Z drugiej zaś strony odnosi się wrażenie, że twórcy nie do końca przemyśleli wszystkie zaimplementowane pomysły. Możemy nieść przy sobie ograniczony ciężar to fakt, ale amunicja w grze nie wiedzieć czemu w ogóle nie waży. Przez co w Fallout 3 dochodzi do absurdalnych sytuacji, gdzie bohater może nieść przy sobie po 1000 sztuk pocisków i więcej. Broń można też reperować to prawda, ale zabrakło możliwości modyfikacji poszczególnych strzelb i pistoletów, co znacznie zwiększyło by dość ubogi arsenał.
